鄂尔多斯职业学院下设30个系部：党政办公室（外事办）、组织统战部（党校）、宣传部、监督检查室、学生工作部（武装部）、教师工作部（教师发展中心）、保卫工作部（保卫处）、人事处、教务处（实验实训中心）、招生就业处（对外合作交流处）、科研产业处（职教研究所）、财务处、质量管理和审计处、国有资产和后勤管理处。机电工程系、信息工程系、资源工程系、化学工程系、建筑工程系、人文管理系、汽车工程系、基础部、思想政治理论教学科研部、电大分校、培训中心（退役军人培训部）、图书馆、信息中心、创新创业中心、工会、团委。

1.党政办公室（外事办）

下设【文秘科】【综合科】【机要档案科】

主任：乔祥

副主任：朱立春

2.组织统战部（党校）

下设【干部科】【组织科】【统战科】

部长：刘满山

副部长：孙宏英

3.宣传部

下设【宣传与网络舆情监管科】【思政科】

部长：付瑞

副部长：高慧敏

4.监督检查室

下设【检查科】【综合科】

主任：吉日木图

5.学生工作部（武装部）

下设【学生教育管理科】【资助管理中心】【心理咨询中心】

部长：由国艳

副部长：云昊

6.教师工作部（教师发展中心）

下设【师资科】

部长：柴敏

副部长：斯庆

7.保卫工作部（保卫处）

下设【综合科】【安全管理科】

部长：张熙伟

8.人事处

下设【人力资源科】【劳资科】

处长：刘枫

副处长：张春梅

9.教务处（实验实训中心）

下设【教务科】【实践教学管理科】【学籍考务科】

处长：郝巧梅

副处长：苗文莉、李波

10.招生就业处（对外合作交流处）

下设【招生就业科】【合作交流科】

处长：刘月星

副处长：刘玉娟

11.科研产业处（职教研究所）

下设【项目管理科】

处长：郝宵鹏

副处长：曲冰洁

12.财务处

下设【财务管理科】【会计核算科】

副处长：路延

13.质量管理和审计处

下设【综合科】

处长：李梅

副处长：刘秀莲、高燕

14.国有资产和后勤管理处

下设【综合科】【资产管理科】

处长：郝旭伟

副处长：王逵

15.机电工程系

下设【教务科】【学工与综合管理科】【教研中心】

党总支书记：张海琴

16.信息工程系

下设【教务科】【学工与综合管理科】【教研中心】

党总支书记、主任：张生瑞

副主任：武小芳

17.资源工程系

下设【教务科】【学工与综合管理科】【教研中心】

党总支书记：付瑞

党总支副书记：卓庆奉

主任：刘静霖

18.化学工程系

下设【教务科】【学工与综合管理科】【教研中心】

党总支书记、主任：马桂香

党总支副书记：朱晴

副主任：钱春苹

19.建筑工程系

下设【教务科】【学工与综合管理科】【教研中心】

党总支副书记：张宁

副主任：王瑾

20.人文管理系

下设【教务科】【学工与综合管理科】【教研中心】

党总支书记、主任：杨梅

党总支副书记：高慧

21.汽车工程系

下设【教务科】【学工与综合管理科】【教研中心】

党总支副书记：杜瑞

副主任：任艳茹

22.基础部

下设【教务科】【教研中心】

部长：马长平

23.思想政治理论教学科研部

下设【教研中心】

部长：刘瑞霞

副部长：马宁

24.电大分校

下设【社区服务办公室】【教务科】【现代教育技术中心】

校长：肖海福

25.培训中心（退役军人培训部）

下设【培训与职业技能鉴定科】

主任：白玲

副主任：苏忠义

26.图书馆

下设【采编与流通科】

馆长：武娜

副馆长：张锐锋

27.信息中心

下设【网络技术科】

主任：潘晔

副主任：王真

28.创新创业中心

下设【综合科】

副主任：徐秀英

29.工会

下设【办公室】

主席：李萍

30.团委

下设【办公室】

书记：赵美丽